| 千葉ロッテマリーンズ |
| 順位 | 名前 | 年齢 | 守備位置 | 所属 | 身･体/投打 | 備考 |
| ３巡目 | 根元 俊一 | 22 | 内野手 | 東北福祉大 | 177cm･75kg/右左 | |
| ４巡目 | 川崎 雄介 | 23 | 投手 | ホンダ熊本 | 184cm･77kg/右右 | |
| ５巡目 | 古谷 拓哉 | 24 | 投手 | 日本通運 | 180cm･73kg/左左 | |
| ６巡目 | 相原 勝幸 | 22 | 投手 | 富士大 | 188cm･77kg/右右 | |
| 福岡ソフトバンクホークス |
| 順位 | 名前 | 年齢 | 守備位置 | 所属 | 身･体/投打 | 備考 |
| 希望枠 | 松田 宣浩 | 22 | 三塁手 | 亜細亜大 | 179cm･82kg/右右 | |
| ３巡目 | 藤岡 好明 | 20 | 投手 | ＪＲ九州 | 176cm･80kg/右右 | |
| ４巡目 | 甲藤 啓介 | 22 | 投手 | 近畿大 | 180cm･85kg/右右 | |
| ５巡目 | 本多 雄一 | 20 | 遊撃手 | 三菱重工名古屋 | 173cm･71kg/右左 | |
| ６巡目 | 柳瀬 明宏 | 22 | 投手 | 龍谷大 | 177cm･76kg/右右 | |
| 西武ライオンズ |
| 順位 | 名前 | 年齢 | 守備位置 | 所属 | 身･体/投打 | 備考 |
| 希望枠 | 松永 浩典 | 21 | 投手 | 三菱重工長崎 | 174cm･75kg/左左 | |
| ３巡目 | 吉見 太一 | 25 | 捕手 | サンワード貿易 | 182cm･80kg/右右 | |
| ４巡目 | 西川 純司 | 22 | 投手 | 三重中京大 | 183cm･68kg/左左 | |
| ５巡目 | 山本 歩 | 22 | 投手 | 関西学院大 | 181cm･77kg/右右 | 今回唯一の準硬式からのプロ指名。 |
| オリックスバファローズ |
| 順位 | 名前 | 年齢 | 守備位置 | 所属 | 身･体/投打 | 備考 |
| 希望枠 | 平野 佳寿 | 21 | 投手 | 京都産業大 | 184cm･82kg/右右 | |
| ３巡目 | 岸田 護 | 24 | 投手 | NTT西日本 | 180cm･72kg/右右 | |
| ４巡目 | 森山 周 | 24 | 遊撃手 | ヤマハ | 179cm･73kg/右左 | |
| ５巡目 | 中山 慎也 | 23 | 投手 | JR東海 | 182cm･77kg/左左 | |
| ６巡目 | 妹尾 軒作 | 24 | 投手 | 一光 | 175cm･75kg/右右 | |
| 北海道日本ハムファイターズ |
| 順位 | 名前 | 年齢 | 守備位置 | 所属 | 身･体/投打 | 備考 |
| 希望枠 | 八木 智哉 | 22 | 投手 | 創価大 | 181cm･75kg/左左 | |
| ３巡目 | 川島 慶三 | 22 | 二塁手 | 九州国際大 | 172cm･72kg/右右 | |
| ４巡目 | 武田 勝 | 27 | 投手 | シダックス | 176cm･70kg/左左 | |
| ５巡目 | 小山 桂司 | 24 | 捕手 | シダックス | 175cm･80kg/右両 | |
| ６巡目 | 高口 隆行 | 22 | 遊撃手 | 創価大 | 180cm･78kg/右右 | |
| ７巡目 | 星野 八千穂 | 25 | 投手 | JR北海道 | 180cm･71kg/右右 | |
| 東北楽天ゴールデンイーグルス |
| 順位 | 名前 | 年齢 | 守備位置 | 所属 | 身･体/投打 | 備考 |
| １巡目 | 松崎 信吾 | 22 | 投手 | 東北福祉大 | 180cm･90kg/左左 | |
| ３巡目 | 青山 浩二 | 22 | 投手 | 八戸大 | 180cm･80kg/右右 | |
| ４巡目 | 河田 寿司 | 25 | 捕手 | 三菱重工長崎 | 181cm･91kg/右左 | |
| ５巡目 | 西村 弥 | 22 | 遊撃手 | 東京情報大 | 178cm･78kg/右両 | |
| ６巡目 | 木谷 寿巳 | 24 | 投手 | 王子製紙 | 180cm･75kg/右右 | |
| ７巡目 | 井野 卓 | 21 | 捕手 | 東北福祉大 | 180cm･78kg/右右 | |
| ８巡目 | 草野 大輔 | 28 | 遊撃手 | ホンダ熊本 | 170cm･78kg/右左 | 山崎(Ｅ９巡)と共に野手での史上最高齢指名 |
| ９巡目 | 山崎 隆広 | 29 | 外野手 | NTT西日本 | 177cm･90kg/右右 | 草野(Ｅ８巡)と共に野手での史上最高齢指名 |
| 阪神タイガース |
| 順位 | 名前 | 年齢 | 守備位置 | 所属 | 身･体/投打 | 備考 |
| 希望枠 | 岩田 稔 | 22 | 投手 | 関西大 | 178cm･82kg/左左 | |
| ３巡目 | 金村 大裕 | 22 | 投手 | 大阪商業大 | 184cm･84kg/右右 | |
| ４巡目 | 渡辺 亮 | 23 | 投手 | 日本生命 | 175cm･72kg/右右 | |
| 中日ドラゴンズ |
| 順位 | 名前 | 年齢 | 守備位置 | 所属 | 身･体/投打 | 備考 |
| 希望枠 | 吉見 一起 | 21 | 投手 | トヨタ自動車 | 182cm･83kg/右右 | |
| ３巡目 | 藤井 淳志 | 24 | 外野手 | NTT西日本 | 181cm･77kg/右両 | |
| ４巡目 | 新井 良太 | 22 | 三塁手 | 駒沢大 | 187cm･89kg/右右 | |
| ５巡目 | 柳田 殖生 | 23 | 遊撃手 | NOMOﾍﾞｰｽﾎﾞ※1 | 174cm･69kg/右右 | ※1:NOMOベースボールクラブ |
| ６巡目 | 斉藤 信介 | 23 | 投手 | NTT西日本 | 183cm･85kg/右右 | |
| ７巡目 | 佐藤 亮太 | 22 | 投手 | 国学院大 | 186cm･80kg/左左 | |
| 横浜ベイスターズ |
| 順位 | 名前 | 年齢 | 守備位置 | 所属 | 身･体/投打 | 備考 |
| 希望枠 | 高宮 和也 | 23 | 投手 | ホンダ鈴鹿 | 175cm･73kg/左左 | |
| ３巡目 | 内藤 雄太 | 21 | 外野手 | 八戸大 | 182cm･86kg/右左 | |
| ４巡目 | 三橋 直樹 | 24 | 投手 | 日産自動車 | 179cm･81kg/右右 | |
| ヤクルトスワローズ |
| 順位 | 名前 | 年齢 | 守備位置 | 所属 | 身･体/投打 | 備考 |
| 希望枠 | 武内 晋一 | 21 | 一塁手 | 早稲田大 | 175cm･85kg/左左 | |
| ３巡目 | 松井 光介 | 27 | 投手 | JR東日本 | 171cm･80kg/右両 | |
| ４巡目 | 高木 啓充 | 22 | 投手 | 大阪体育大 | 181cm･79kg/右右 | |
| ５巡目 | 飯原 誉士 | 22 | 外野手 | 白鴎大 | 181cm･80kg/右右 | |
| 読売ジャイアンツ |
| 順位 | 名前 | 年齢 | 守備位置 | 所属 | 身･体/投打 | 備考 |
| 希望枠 | 福田 聡志 | 22 | 投手 | 東北福祉大 | 180cm･76kg/右右 | |
| ３巡目 | 栂野 雅史 | 21 | 投手 | 新日本石油 | 186cm･90kg/右右 | |
| ４巡目 | 越智 大祐 | 22 | 投手 | 早稲田大 | 184cm･84kg/右右 | |
| ５巡目 | 脇谷 亮太 | 24 | 三塁手 | NTT西日本 | 186cm･90kg/右右 | |
| ６巡目 | 深田 拓也 | 22 | 投手 | 中京大 | 180cm･73kg/左左 | |
| ７巡目 | 会田 有志 | 21 | 投手 | 中央大 | 178cm･74kg/右右 | |
| ８巡目 | 梅田 浩 | 22 | 捕手 | 創価大 | 185cm･87kg/右右 | |
| 広島東洋カープ |
| 順位 | 名前 | 年齢 | 守備位置 | 所属 | 身･体/投打 | 備考 |
| ３巡目 | 梵 英心 | 24 | 遊撃手 | 日産自動車 | 173cm･70kg/右右 | |
| ４巡目 | 梅原 伸亮 | 22 | 投手 | 京都学園大 | 182cm･75kg/右右 | |
| ５巡目 | 飯田 宏行 | 25 | 投手 | 元ツインズ1A | 186cm･80kg/右右 | |
※年齢は2005年11月18日現在
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