| ポケモン名 | 出現場所 | Lv. | 条件 |
| フリーザー | シンオウ各地 | 60 | 全国図鑑完成後、ハクタイのオーキドから話を聞く。 出現後はシンオウ各地を移動する。 個体値等はオーキドと話したときに決定。 |
| サンダー | |||
| ファイヤー | |||
| レジロック | 228番道路 | 30 | 前売り特典レジギガスを連れて行くとそれぞれの場所で出現。 |
| レジアイス | テンガンざん | ||
| レジスチル | こうてつじま | ||
| ユクシー | エイチこ | 50 | やぶれたせかいから脱出後、ナナカマドから話を聞く。 エムリットは出会った後はシンオウ各地を移動する。 |
| エムリット | シンジこ | ||
| アグノム | リッシこ | ||
| ディアルガ | やりのはしら | 70 | 殿堂入り後金剛玉を持ってやりのはしらへ行く。 白玉も持っていると出現しない。 |
| パルキア | やりのはしら | 殿堂入り後白玉を持ってやりのはしらへ行く。 金剛玉も持っていると出現しない。 |
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| ヒードラン | ハードマウンテン | 50 | ハードマウンテンのギンガ団イベントをクリア。 |
| レジギガス | キッサキしんでん | 70 | レジロック、レジアイス、レジスチルを連れて行く。 |
| ギラティナ | やぶれたせかい | 47 | ストーリー上。 逃げても個体値等は固定されない。 |
| もどりのどうくつ | やぶれたせかいで逃げた場合のみ出現。 出会った場所はもどりのどうくつになる。 |
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| クレセリア | まんげつじま | 50 | まんげつじまで出会った後はシンオウ各地を移動。 |
| マナフィ | （ウラヤマさんち） | -- | ゲットは不可能。図鑑に記録されるだけ。 |
| 技名 | 場所 | 必要なかけらの数 | |||
| 赤 | 青 | 黄色 | 緑 | ||
| ほのおのパンチ | ノモセシティの西 | 2 | 6 | 0 | 0 |
| ダイビング | 2 | 4 | 2 | 0 | |
| かみなりパンチ | 2 | 6 | 0 | 0 | |
| こごえるかぜ | 0 | 6 | 0 | 2 | |
| れいとうパンチ | 2 | 6 | 0 | 0 | |
| しんくうは | 2 | 4 | 0 | 2 | |
| エアカッター | 2 | 4 | 0 | 2 | |
| しねんのずつき | 0 | 4 | 4 | 0 | |
| トリック | 0 | 4 | 4 | 0 | |
| れんぞくぎり | 0 | 8 | 0 | 0 | |
| あやしいかぜ | 0 | 6 | 0 | 2 | |
| はたきおとす | 4 | 4 | 0 | 0 | |
| ふいうち | 0 | 6 | 2 | 0 | |
| いびき | キッサキシティ | 2 | 0 | 4 | 2 |
| てだすけ | 2 | 0 | 4 | 2 | |
| さわぐ | 0 | 0 | 6 | 2 | |
| スピードスター | 0 | 2 | 2 | 4 | |
| とっておき | 0 | 0 | 0 | 8 | |
| こうごうせい | 0 | 0 | 2 | 6 | |
| でんじふゆう | 0 | 2 | 4 | 2 | |
| うらみ | 0 | 0 | 8 | 0 | |
| 技名 | 場所 | 必要なかけらの数 | |||
| 赤 | 青 | 黄色 | 緑 | ||
| がむしゃら | サバイルバルエリア | 4 | 0 | 4 | 0 |
| ねっぷう | 4 | 2 | 0 | 2 | |
| アクアテール | 6 | 0 | 0 | 2 | |
| タネばくだん | 4 | 0 | 0 | 4 | |
| ばかぢから | 8 | 0 | 0 | 0 | |
| いえき | 4 | 0 | 2 | 2 | |
| ダストシュート | 4 | 2 | 0 | 2 | |
| だいちのちから | 6 | 0 | 0 | 2 | |
| どろかけ | 4 | 4 | 0 | 0 | |
| とびはねる | 4 | 0 | 2 | 2 | |
| シグナルビーム | 2 | 2 | 2 | 2 | |
| げんしのちから | 6 | 0 | 0 | 2 | |
| ころがる | 4 | 2 | 0 | 2 | |
| げきりん | 6 | 0 | 2 | 0 | |
| たつまき | 6 | 0 | 0 | 2 | |
| アイアンヘッド | 6 | 0 | 2 | 0 | |
| てっぺき | 4 | 2 | 2 | 0 | |
| ジムリーダー | 手持ちポケモン | ||||
| ヒョウタ | プテラ | ダイノーズ | ゴローニャ | ラムパルド | バンギラス |
| ナタネ | ワタッコ | チェリム | キレイハナ | ドダイトス | ロズレイド |
| メリッサ | ジュペッタ | フワライド | ヨノワール | ムウマージ | ゲンガー |
| スモモ | カポエラー | チャーレム | キノガッサ | カイリキー | ルカリオ |
| マキシ | サメハダー | ヌオー | ギャラドス | ルンパッパ | フローゼル |
| トウガン | エアームド | ハガネール | ジバコイル | トリデプス | ボスゴドラ |
| スズナ | マニューラ | マンムー | ユキノオー | ユキメノコ | グレイシア |
| デンジ | サンダース | ライチュウ | レントラー | ランターン | エレキブル |
| モミ | ソーナンス | フワライド | ハリテヤマ | ホエルオー | ハピナス |
| ミル | ポリゴンＺ | ゲンガー | ジバコイル | トゲキッス | フーディン |
| ゲン | アブソル | リングマ | メタグロス | ボーマンダ | ルカリオ |
| バク | ツボツボ | ブラッキー | コータス | ヨノワール | ネンドール |
| マイ | テッカニン | マルマイン | クロバット | マニューラ | ウインディ |
| ・シンオウ図鑑が全210匹に ・コイル、レアコイル、サイホーン、サイドン、モンジャラ、ストライク、ベロリンガ、エレブー、ブーバー ヤンヤンマ、グライガー、ウリムー、デルビル、ラルトス、キルリア、ノズパス、チルット、トロピウス ユキワラシ、ヨマワル、アブソルが野生で出現。 ・イーブイはヨスガシティで、ポリゴンはトバリシティでそれぞれ貰える。 ・それに伴い、エレキブースターや鋭い爪等の進化アイテムがストーリー上で手に入る。 ・プラチナでは出現しないポケモンはヤミカラス、ムウマ、スカンプー、ニャルマー系統。 ・ポケモンの出現する場所が変更になったため、ポケトレ可（もしくは難易度減）ポケモンが増加。 ・ジムリーダーの順番が一部変更されている。（ナタネ→メリッサ→スモモ→マキシ→トウガン） ・秘伝マシンが手に入る場所が変わっている。そのためロストタワーは必須ではない。 ・バトルフロンティアはタワー、ステージ、キャッスル、ファクトリー、ルーレットの5施設。 ・四天王とシロナは全国図鑑完成後(?)、ポケモンのレベルがあがる。最高はガブリアスLv.78。 ・リゾートエリアで別荘が手に入り、買った家具によって他のキャラが入り浸る。 |